توانایی روش های کمومتریک در بررسی سرطان ریه بر مبنای ژنوم
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه کاشان
- نویسنده هاجر طاهری زاده
- استاد راهنما سعید معصوم
- تعداد صفحات: ۱۵ صفحه ی اول
- سال انتشار 1389
چکیده
سرطان ریه علت اصلی مرگ و میر ناشی از سرطان در جهان است. سرعت مرگ و میر زیاد در نتیجه ی فقدان ابزار موثر برای تشخیص این بیماری در مراحل اولیه است. گفته شده است که سیگار کشیدن باعث ایجاد تفاوت در الگوی بیان ژن افراد بدون سرطان ریه و افراد دارای سرطان ریه می شود. در این پژوهش سعی شد که با استفاده از الگوی بیان ژن افراد سیگاری دارای سرطان ریه و بدون سرطان ریه، با استفاده از کمومتریکس مدل هایی برای دسته بندی افراد دارای سرطان و بدون سرطان ریه ایجاد شود. ابتدا داده های مربوط از سایت گرفته شد و به مجموعه ی آموزش و آزمون تقسیم شد. سپس با استفاده از الگوریتم تجزیه ی مولفه ی اصلی (pca) بدون پیش پردازش، همراه با پیش پردازش تمرکز بر میانگین و پیش پردازش هم مقیاس کردن مدل هایی ایجاد شد. مدل های پیشنهاد شده ی pca قادر نشدند دو دسته را به خوبی از هم جدا کنند. بعد از آن از تجزیه ی تمایزی کمترین مربعات جزئی (pls-da) برای ایجاد مدل استفاده شد. مدل ایجاد شده ی بدون پیش پردازش نتوانست دو دسته را از هم جدا کند. مدل های ایجاد شده با این روش همراه با پیش پردازش تمرکز بر میانگین و هم مقیاس کردن تا حدی توانستند دو گروه را از هم جدا کنند. پس از آن ایجاد مدل با استفاده از ژن های موثر در ایجاد بیماری انجام شد. pca باز هم نتایج خوبی نداشت. این بار مدل pls-da بدون پیش پردازش داده ها در مقایسه با مدل ایجاد شده با همه ی ژن ها هم تا حدی توانست دو گروه را از هم جدا کند. بعد از آن از روش نقشه های خود مرتب شونده (som) برای ایجاد مدل استفاده شد. این مدل بازده نامناسب 72% را برای مجموعه ی آموزش داشت. در نهایت با استفاده از ماشین های بردار پایه (svm) مدلی ایجاد شد که بازده 100% برای مجموعه ی آموزش و 84% برای مجموعه ی آزمون را داشت.
منابع مشابه
بررسی نقش ژنهای JAK2 و STAT3 در سرطان ریه
Title: Evaluation of expression and methylation of promoter of JAK2 and STAT3 genes in lung cancer tissue and its comparison with adjacent healthy tissue in 75 people with this cancer. Objective: Lung cancer is a disease that affects lung tissue cells. It is a common cancer in the world and is one of the deadliest cancers. Molecular variations of genes have a significant effect...
متن کاملمطالعه اپی ژنتیک سرطان ریه
مرگ و میر ناشی از سرطان ریه می تواند به طور قابل توجهی با تشخیص زودهنگام بیماری کاهش یابد. با این حال، فقط حدود 15٪ از تومورهای ریه که اکثرا در مرحله پیشرفته قرار دارند، در هنگام تشخیص تعیین مکان می شوند. بقای پنج ساله برای بیماران مبتلا به مراحل ابتدایی سرطان ریه به طور چشمگیری بیش از 70% مشاهده شده است اما برای بیماران در مراحل پیشرفته کمتر از 10% است. روش تومورگرافی محاسبه شده مارپیچی (CT) ب...
متن کاملبررسی اثر نانونقره تولید شده با روش سنتز زیستی بر میزان بیان ژن HDAC8 در رده سلولی سرطان ریه (A549)
سابقه و هدف: امروزه نانوذرات طیف گستردهای از مطالعات را برای درمان و تشخیص سرطان به خود اختصاص داده اند. ژن HDAC8 به عنوان مهارکننده رونویسی در سلول نقش دارد و نشان داده شده است که مقدار بیان آن در سرطان ریه افزایش می یابد. در مطالعه حاضر تاثیر نانوذره نقره سنتز شده با عصاره اکالیپتوس بر میزان بیان ژن HDAC8 در رده سلولی سرطان ریه (A549) مورد ارزیابی قرار گرفت. مواد و روش ها: در این مطالع...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه کاشان
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023